Afiliación a AFA  

De la mano de Francisco Ghiano Colón quedo habilitado para disputar los partidos de la segunda división del Ascenso del torneo de 1948.
En vista de lo que seria su participación en la AFA, los esfuerzos del club tuvieron que duplicarse: la adquisición de un sistema lumínico y la conformación de un equipo competitivo demando una erogación de dinero importante. Para ello, se conformaban distintas comisiones con un mismo objetivo: la posibilidad de incrementar el ingreso de fondos. La estrategia tuvo sus frutos y las metas fueron alcanzadas con creces; se instalaron las torres de iluminación y se preparo un buen equipo de profesionales. Ya estaba todo listo para comenzar una nueva historia en la institución. 

Y vaya su fue un buen comienzo. Colón logro retener el invicto en su cancha a lo largo de 5 años. Pero esto no era todo, ya que el equipo había logrado colocarse en los primeros puestos durante aquellos años, debutando con un 3º puesto, seguido por una segunda colocación en el 49 y 50, y finalizando 3º en los dos años siguientes. Cabe destacar que al comenzar el torneo de 1951 las aguas del Salado habían hecho estragos nuevamente, por lo que las instalaciones de Gimnasia y Esgrima de Ciudadela sirvieron para hacer de local. 

El club pasaba por momentos de gloria, no solo en lo deportivo, sino en lo institucional también. La creación de tribunas nuevas y remodelación de las viejas, la construcción de canchas de tenis criollo y la incorporación del básquet como deporte en el club eran indicios de un pleno crecimiento. Sin embargo, en 1954 el presidente Francisco Ghiano pide licencia por problemas de salud y el 7 de octubre presenta su renuncia. En ese momento se produce un quiebre, no dado por la renuncia del memorable Ghiano, sino por dejar escapar de manera increíble el titulo de la segunda división. A partir de ahí la historia paso de blanco a negro, lo que termino con el descenso de categoría. 

Por suerte para el Club, en esos momentos aparece Don Ítalo Pedro Giménez, quien asume a la presidencia en 1964. Fue en ese preciso año en que Colón vuelve a participar en el Ascenso luego de una reestructuración de campeonato de AFA. Esto fue el puntapié inicial de uno de los momentos mas memorables y mas gloriosos de nuestra institución. La victoria sobre el Santos de Pele y el posterior ascenso en el año 65 fueron el inicio de una nueva etapa en la vida de la institución.